3) Linea temporale dopo la cancellazione di Peter
Dopo aver avviato la macchina ed aver salvato e creato un ponte tra gli universi paralleli, Peter scompare dall’esistenza, come se non fosse mai esistito se non in quel lago ghiacciato in cui morì. I fatti raccontati in questa linea seguono alla sua morte da bambino, eppure Walter ed Olivia iniziano ad avere visioni e sogni su questo misterioso uomo sconosciuto, finchè Peter non ricompare all’improvviso in quello stesso lago.
Al suo ritorno la situazione è tragica: nessuno si ricorda di lui, non è mai esistito e Walter, l’unico che può aiutarlo, non vuole avere niente a che fare con lui. Inizialmente il ragazzo crede di essere stato trasportato su un’altra linea temporale dalla macchina e riesce a convincere il padre ad aiutarlo per tornare dai suoi cari, finchè Settembre gli rivela che non esiste un’altra linea, il mondo che lui conosceva è stato semplicemente resettato e quelli sono i suoi Walter e Olivia, anche se loro non lo sanno. Grazie ai poteri alimentati dal Cortexiphan, Olivia riuscirà a recuperare i suoi ricordi, mentre Walter ricorderà tutto sulla diversa linea temporale grazie al bambino osservatore nel finale della quinta stagione.