In seguito gli umani riescono a fuggire da New Caprica e la storia prosegue ritornando nello spazio.
Nel frattempo i Cylon tornano nelle loro navi base, portando con sé anche Gaius Baltar, che ci dà una visuale dall’interno della vita delle macchine, man mano sempre più “umani”. D’Anna in particolare inizia di nascosto a suicidarsi, nel tentativo di avere visioni dei Cinque più chiare (cosa che per la loro religione è aberrante). Coinvolgerà anche Baltar nella sua ricerca, tanto che lo porta persino dall’Ibrido, una delle entità che guida la nave base e che parla in maniera apparentemente insensata. Questa è il primo livello evolutivo dopo i Centurioni e prima di quelli che conosciamo come Numeri.
D’Anna e Athena sono gli esempi più evidenti di questo processo che i Cylon iniziano ad attraversare, tanto che ad un certo punto, la prima rischia anche la sicurezza della flotta nel tentativo di portare avanti i suoi piani e raggiungere il mondo delle alghe, dove si erge il tempio che dovrebbe indicare la via per la Terra. Questo però attira troppo l’attenzione dei suoi simili e di conseguenza decidono di archiviare il suo modello come difettoso.
Ulteriore sottolineatura di questa traslazione verso l’altra specie, ci viene data quando Gaius esplora la nave di Cylon morti a causa di una strana malattia, che colpisce esclusivamente loro, ed i Numeri della base sono costretti a sopprimere tutta la nave in quarantena per non diffondere il morbo attraverso la resurrezione. Questo ci fa capire come anche i Cylon non siano invulnerabili, come non siano infallibili nonostante le loro capacità di calcolo e dimostra che sono in grado anche loro di avere punti deboli e provare paura.
In questa stagione di Battlestar Galactica, Cylon e umani si scontrano spesso nella strada verso il pianeta Terra, ma non sono gli unici problemi che la flotta umana deve affrontare.
Se i Cylon diventano più umani, gli umani dimostrano sempre più di frequente quando possano diventare spietati. Ricordiamo che il presidente temporaneo ha dato potere a una commissione di eseguire segretamente pene di morte per i collaborazionisti di New Caprica. La commissione è composta tra l’altro da Tyrol, Tigh, momentaneamente Anders, un altro paio di elementi e successivamente anche Kara, in sostituzione del marito che ha voluto estraniarsi dalla faccenda. Ok, in parte umani, ma comunque ci sono molti comportamenti discutibili da parte di questa fazione.
Inoltre Kara e Tigh, dopo esser stati torturati nel pianeta, contagiano il resto della Battlestar Galactica con il loro malcontento, ma non sono gli unici ad avere risentimenti, tanto che nella puntata “Unfinished Business”, viene organizzata una serata di incontri di pugilato per far regolare i conti in sospeso a suon di pugni in faccia. Un evento molto particolare perché per la prima volta vediamo anche l’Ammiraglio Adama partecipare.
Inoltre finalmente si scopre cosa aveva rotto i rapporti tra Lee e Kara, tramite una serie di flashback, ben mescolati a scene di loro che si picchiano a sangue.
Questo è solo un preludio del loro ritorno di fiamma, tradendo i loro rispettivi compagni, ma si rendono poi conto di quanto i loro sentimenti stiano distruggendo i loro partner e loro stessi. Ma non c’è mai pace per Kara e per la flotta, perché anche Kat (Luciana Carro) finisce per essere scoperta come impostore, subito prima di sacrificarsi coraggiosamente per riuscire a portare in salvo più navi possibili attraverso una nebulosa di stelle.
Subito dopo inoltre, all’interno della flotta guidata dalla Battlestar Galactica, inizia ad affiorare malcontento a causa delle classi sociali impermeabili e dettate dalla colonia di provenienza. Qui ritorna forte il personaggio di Chief Tyrol, che riscopre la sua anima da sindacalista e si ribella per le condizioni di lavoro oltraggiose nella raffineria di carburante. Questo paio di episodi sono un po’ più lenti rispetto al resto della stagione ma aiutano a conoscere meglio il personaggio, sempre più centrale nella narrazione.